Tujuan khusus Smpk frateran Ndao: jangka pendek, menengah

• Menghasilkan output/lulusan yang beriman, beradab, berbudaya dan berkualitas, cerdas dan berkarakter.
• Menghasilkan pribadi yang unggul dalam prestasi akademik dan non akademik
• Menghasilkan pencapaian nilai UNBK dan USBN sesuai dengan Standar Nasional Pendidikan.
• Menghasilkan pribadi yang menguasai IPTEK
• Menghasilkan pribadi yang lembut dan rendah hati
• Menghasilkan pribadi yang unggul dan kompetitif
• Menghasilkan pembelajaran yang aktif, inovatif, kreatif, efektif, menyenangkan, gembira dan berbobot (PAIKEM GEMBROT)
• Menghasilkan peserta didik yang berkualitas dalam berpkir, bersikap. dan bertindak
• Menghasilkan Perangkat dan Dokumen kurikulum yang lengkap sesuai standar
• Menampakan persaudaraan yang sejati
• Menampakan budaya disiplin dan kejujuran
• Menampakkan sekolah yang ramah lingkungan, anak, empatik, welas asih, berestetika dan beretika
• Mengaktualisasikan potensi dan bakat seni warga sekolah dalam bentuk pentas seni/pagelaran seni

Tujuan jangka menengah, panjang:

• Lulus 100%, dengan meraih nilai tertinggi untuk 4 mapel :Bindo, Bing, Matek dan IPA, di kota Ende, Propinsi dan Nasional
• Meraih predikat sebagai sekolah berrintegritas tinggi
• Meraih olimpiade tingkat kota, proponsi dan Nasional
• Memiliki paduan suara sekolah yang handal….untuk itu telah dilakukan audisi tgl 27 Juli. Wacana:
  • Safari koor gereja
  • Kompetisi, spt SMAK FRANDO